A nota do Enem não é uma simples soma de acertos ou erros de cada candidato. A média obtida depende, além do número de questões respondidas corretamente, da dificuldade das questões que se acerta ou se erra. Se um item teve menos acertos por parte da maioria dos estudantes, ele passa a ter maior peso no cálculo da média. Com isso, pessoas que acertam o mesmo número absoluto de itens podem obter médias diferentes.
Na escala construída pelo Inep, a nota 500 representa a média obtida por aqueles que concluíram o ensino médio em 2009 ; com exceção dos egressos (que no passado já havia concluído o ensino médio) e dos "treineiros" (alunos que ainda não concluíram).
Quanto mais distante de 500 for a nota do estudante, para cima, melhor foi o desempenho dele em relação à média dos participantes. E quanto mais distante de 500 for a nota, para baixo, significa que esse candidato foi pior em relação à maioria.
No Enem 2009, a escala para a prova de ciências da natureza ficou entre 263,3 e 903,2. Isso significa que essas foram, respectivamente, a menor e a maior nota alcançada pelos participantes. Na prova ciências humanas, as notas variaram entre 300 e 887. Em linguagens, a menor nota observada foi 224,3 e a maior, 835,6. No caso de matemática, as notas foram de 345,9 a 985,1.
No caso da redação, a correção utiliza a mesma metodologia dos anos anteriores. Nesse caso, a nota do aluno pode variar numa escala de zero a 1000.
A metodologia adotada pelo o Inep para o novo Enem foi a Teoria de Resposta ao Item (TRI), cujo objetivo é medir o conhecimento a partir do comportamento observado nas provas. ;Uma nota mede o percentual de erros ou de acertos. Na TRI queremos saber qual é a proeficiência do aluno, ou seja, o que ele conhece. Do ponto de vista conceitual, o grande salto do Enem que a gente está migrando para uma escala que mede o conhecimento;, explica o presidente do Inep, Joaquim Soares Neto.
| | Menor nota | Maior nota |
| Ciências da natureza | 263,3 | 903,2 |
| Ciências humanas | 300 | 887 |
| Linguagens e códigos | 224,3 | 835,6 |
| Matemática | 345,9 | 985,1 |
Fonte: Inep/MEC
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