Uma investigação sobre o funcionamento do programa Nosso Leite demonstrou falhas graves no controle do governo sobre uma ação milionária para complementar a nutrição de famílias pobres, mas cuja função ficou comprometida diante da desconfiança de desvios e ingerência. Entre as irregularidades apontadas pelo próprio órgão de controle do GDF estão brechas no acompanhamento oficial da distribuição do leite e do pão, descumprimento do contrato e pagamentos não autorizados. Até mesmo as condições de higiene do leite doado são objeto de suspeita. Inspeção sobre a qualidade do produto demonstrou que boa parte das amostras tem índice de contaminação acima do tolerável.
As conclusões preocupantes do programa de distribuição de leite ; muitas delas também aplicadas à entrega do pão, que segue o mesmo cadastro e procedimentos semelhantes ; estão reunidas no relatório de Inspeção n; 21 de 2011. Trata-se de uma investigação conduzida pela Secretaria de Transparência que observou o funcionamento do programa de Fortalecimento e Consolidação da Bacia Leiteira do DF e regiões do Entorno (Pró-Leite) entre 2010 e 2011 com a intenção de avaliar a execução, o acompanhamento e a fiscalização da rotina de produção e distribuição de leite financiada pelo Poder Público.
Uma das primeiras evidências obtidas a partir da observação de como se dava a entrega do produto em duas gerências e quatro postos de distribuição em Samambaia e no Guará (usados como amostragem na apuração) foi a fragilidade na distribuição do leite, subsidiado pelo governo, produzido por pequenos empresários e intermediado pela Associação dos Processadores de Leite do Distrito Federal e Entorno (Aproleite). A entidade assinou, em 15 de fevereiro de 2007, um Termo de Cooperação Técnica com a Secretaria de Desenvolvimento Social para gerenciar a mão de obra utilizada na distribuição do leite.