O museu, localizado na Quadra 1 do Setor de Garagens Oficiais Norte (SGON), foi lacrado na última quinta-feira (20/9), após uma decisão da Justiça Federal que pede a desocupação do imóvel.
A área que pertence à União é utilizada pelo Museu do Automóvel de forma irregular desde 2000. De acordo com o Ministério dos Transportes, desde então o pagamento das despesas referentes ao imóvel, como água, luz e segurança, não são feitos.
Em novembro de 2010, a Justiça Federal concedeu liminar determinando que o imóvel fosse desocupado no prazo de 90 dias. Em janeiro de 2011, em grau de recurso no Tribunal Regional Federal (TRF), o prazo para que o curador do museu Roberto Nasser devolvesse o imóvel à União foi estendido para 180 dias.
Esse prazo esgotou-se em de 2011. Portanto, Nasser descumpre decisão judicial há mais de um ano. Em razão disso, a Justiça Federal proferiu nova decisão, em 28 de agosto, determinando que o imóvel fosse lacrado.
No local onde o museu funciona atualmente está previsto o funcionamento de uma área de atendimento aos usuários do Passe Livre - que dá gratuidade de transporte interestadual de ônibus a pessoas carentes e portadoras de necessidades especiais, e a guarda do acervo documental do Ministério dos Transportes.
No site oficial do museu, existe um abaixo-assinado dirigido à presidente, que pede a manutenção do Museu do Automóvel na área em que ele permanece desde 1994.