Em meio a uma crise bilateral entre Brasil e EUA, Shannon deixou o cargo ocupou desde 2009. A troca de embaixadores já estava prevista há meses. Antes de sua saída, porém, ele foi chamado para dar explicações ao governo brasileiro em pelo menos duas ocasiões nas últimas semanas sobre as denúncias de espionagem. O embaixador passará a ocupar um cargo de assessor especial do secretário de Estado dos EUA, John Kerry, em Washington.