O caso se arrasta na Justiça desde 2008, quando a Procuradoria Regional dos Direitos dos Cidadãos abriu inquérito civil público para apurar denúncias de violação do território ocupado pela comunidade indígena do Bananal. O Ministério Público Federal entrou com ação civil pública contra a Funai, a Terracap e o Instituto Brasília Ambiental (Ibram).
Em 2009, o Ministério Público Federal expediu recomendação para que a Funai criasse um grupo técnico de identificação e delimitação. O MPF alegou que a área indígena deveria ter 50 hectares, mas o espaço delimitado agora pela Justiça tem 4,1 hectares, 11 vezes menos do que o pedido dos procuradores.
Em outubro de 2011, a situação se agravou quando a construtora que comprou uma projeção residencial começou a cercar o terreno e remover árvores do local. Índios moradores do Santuário dos Pajés reagiram e a causa ganhou o apoio de estudantes e integrantes de organizações sociais. O grupo formou barreiras humanas para impedir a atuação dos funcionários da construtora e houve confronto entre seguranças e defensores dos índios.