. Segundo o MPDFT, o ex-secretário estaria envolvido no esquema criminoso encabeçado pelo ex-governador do Rio de Janeiro Sérgio Cabral.
A investigação aponta que a empresa Metalúrgica Valença Indústria e Comércio Ltda. era beneficiada em pregões para prestar serviços à saúde pública e, em contrapartida, acertava pagamentos de propina no valor de R$ 1 milhão por unidade construída.
Em novembro de 2018, Rafael foi preso preventivamente durante a Operação Conexão Brasília. As investigações, iniciadas a partir de um desdobramento da Operação Lava-Jato, apontaram um esquema de corrupção no governo de Sergio Cabral que teve ramificações e se alastrou no DF durante a gestão de Agnelo Queiroz.
Nesse caso, as apurações apontaram para a adesão pela Gerência de Órteses e Próteses e da Coordenação de Ortopedia da Secretaria de Saúde de ata de registro de preços da Secretaria de Saúde do Rio de Janeiro, contaminada pelo esquema de corrupção do governo de Sergio Cabral.