De acordo com a legislação, há três formas de garantia da qualidade dos alimentos orgânicos comercializados: a certificação por meio das certificadoras credenciadas; as associações de produtores que fazem auditoria, fiscalizam e certificam os produtos, chamadas de sistema participativo de garantia; e o controle social para os agricultores familiares que vendem por conta própria e obtêm uma autorização para fazer feiras e entregas em domicílio, se cadastrando no site do ministério ().
Na produção orgânica, não podem ser usados agrotóxicos, adubos químicos e sementes transgênicas, e os animais devem ser criados sem uso de hormônios de crescimento e outras drogas, como antibióticos. Além de produzir alimentos considerados mais saudáveis, na agricultura orgânica o solo se mantém fértil e sem risco de contaminação. Os agricultores também ficam menos expostos, já que a aplicação de agrotóxicos, sem os devidos cuidados, é nociva à saúde.
O Ministério da Agricultura explica que o agricultor que seguir as novas regras obterá o selo do Sistema Brasileiro de Avaliação de Conformidade Orgânica, que o consumidor verá ao comprar esses alimentos, tendo a segurança de que eles foram fiscalizados e aprovados. Além disso, a nova regulamentação, com um cadastro nacional de produtores orgânicos, trará dados oficiais que poderão facilitar a aplicação de políticas públicas específicas.
O chefe da Divisão de Controle de Qualidade Orgânica do Ministério da Agricultura, Roberto Mattar, ressalta que os interessados em solicitar a regularização podem acessar informações sobre legislação, cartilhas educativas, formulários para cadastros e credenciamento no site do ministério e nas suas representações estaduais.