Os conselhos são responsáveis por acompanhar a execução do programa em cada localidade do país. De acordo com o Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE) são ; Acre, Amazonas, Maranhão, Pará, Rondônia e Sergipe. "Quando não regularizam o conselho, o risco é a suspensão integral do repasse do Ministério da Educação. [Os estados e municípios] têm que cumprir a lei e implantar o conselho", disse o ministro.
O ministro diz que os municípios que ainda não implantaram o CAE "poderão ter problemas no repasse que nós fazemos. O conselho é um instrumento fundamental para acompanhar, fiscalizar e avaliar a qualidade da merenda".
Este ano, o orçamento do programa é R$ 3,5 bilhões, para beneficiar 44 milhões de alunos da educação básica (educação infantil, ensino fundamental, ensino médio e educação de jovens e adultos). O dinheiro é transferido em dez parcelas mensais, para atender a 200 dias letivos e deve ser utilizado na aquisição de gêneros para a alimentação escolar.
Sobre possíveis irregularidades que envolvem o desvio da verba da merenda escolar em municípios brasileiros, Mercadante disse que "quem errou vai ter que pagar com rigor porque dinheiro para educação é sagrado, especialmente quando vai para merenda das crianças". Segundo ele, se o ministério identifica, por meio do sistema de prestação de contas online disponibilizado no portal do FNDE, qualquer irregularidade, ela é encaminhada aos órgãos competentes.