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As instituições têm 15 dias para apresentar defesa à Secretaria de Regulação e Supervisão da Educação Superior do MEC. As instituições com o índice considerado insuficiente ficam impedidas de firmar novos contratos do Programa de Financiamento Estudantil (Fies), de participar de processo seletivo para oferta de bolsas do Programa Universidade para Todos (ProUni) e do Programa Nacional de Acesso ao Ensino Técnico e Emprego (Pronatec).
O IGC é um instrumento construído com base numa média das notas dos cursos de graduação e pós-graduação de cada instituição. Assim, sintetiza num único indicador a qualidade dos cursos de graduação, mestrado e doutorado da mesma organização de ensino. O índice tem notas de 1 a 5. Instituições com IGC 1 ou 2 estão abaixo da média e sofrem penalidades como suspensão de vestibulares e até fechamento do curso. O índice é divulgado anualmente pelo MEC.