Depois de militar em um grupo anti-israelense, o Comitê de Resistência do Sionismo, Mursi dedicou a maior parte de sua atividade política à Irmandade.
No ano 2000 foi eleito deputado e foi reeleito em 2005, antes de passar sete meses na prisão por ter participado de uma manifestação de apoio aos magistrados reformistas.
Em 2010, tornou-se porta-voz da Irmandade e membro de seu gabinete político. No dia 28 de janeiro de 2011 foi preso brevemente, três dias depois do início da revolta que terminou com a queda de Hosni Mubarak.
Também classificou de "farsa" o julgamento de Mubarak, no qual o ex-presidente foi condenado à prisão perpétua, mas vários ex-funcionários de alto escalão da segurança, envolvidos na repressão da revolta popular do ano passado, foram absolvidos.