Pelos dados de organizações não governamentais, o índice de homicídios em Honduas chega a 85,5 para cada grupo de 100 mil habitantes. Segundo o Observatório da Violência da Universidade Nacional Autônoma de Honduras, durante a gestão de Bonilla, que assumiu em setembro de 2011 o cargo, houve mais de 11 mil homicídios no país.
Ao ser cobrado por parlamentares sobre sua atuação, Bonilla reconheceu não ter feito avanços no combate à corrupção, às drogas e ao enriquecimento ilícito.