A Apemia exige do Estado a abertura dos arquivos para esclarecer o atentado, e promove a formação de uma comissão investigadora da verdade, com especialistas e autoridades, "para superar 20 anos de impunidade".
Em 2004, vários policiais acusados de dar apoio logístico para realizar o atentado foram absolvidos em um julgamento com irregularidades grosseiras e que terminou com a exoneração do juiz Juan Galeano.
Outro acusado, o advogado Carlos Telleldín, um ex-informante da polícia vinculado a grupos de ultra-direita, também foi absolvido, mas voltará ao banco dos réus por homicídio qualificado, segundo uma decisão de Ariel Lijo, o atual juiz encarregado do caso AMIA.
Desde março de 2012, espera-se a data do julgamento contra o ex-presidente Carlos Menem (1989/99), acusado de "acobertamento qualificado" da chamada "conexão local".