A comissão de Inteligência iniciou uma investigação em 2009 sobre o programa de interrogatórios violentos da CIA, e teve acesso a mais de seis milhões de documentos entregues pela agência. Os senadores podiam consultar esses documentos nos computadores protegidos e aos quais a CIA não deveria ter acesso, segundo um acordo entre o Senado e a agência de inteligência. Mas, em 2010, mais de 900 páginas de documentos particularmente importantes desapareceram dos expedientes protegidos.
Entre os documentos desaparecidos, havia alguns relativos a um memorando secreto difundido pelo diretor anterior da CIA, Leon Panetta que, segundo a comissão, contradizia a posição oficial da CIA sobre torturas durante interrogatórios.
John Brennan negou na ocasião que a CIA espionasse a comissão, mas pediu ao inspetor-geral da agência que iniciasse uma investigação interna. Agora Brennan abriu uma investigação dentro da CIA que poderá levar a sanções disciplinares.