Mas a atenção do público japonês se concentrou especialmente nos problemas de saúde de sua esposa Masako, como princesa. Esta brilhante diplomata, com quem se casou em 1993, renunciou a sua carreira para assumir suas novas funções, mas sofreu importantes pressões para gerar um filho homem e garantir, assim, a sucessão, reservada aos homens.
No entanto, em 2001 o casal teve sua primeira e até o momento única filha, Aiko. A pressão sobre Masako diminuiu finalmente em 2006, quando o irmão de Naruhito teve um filho homem, Hisahito, o primeiro menino a nascer no seio da família imperial em 41 anos.