Um setor que deverá fiscalizar pelo menos R$ 200 bilhões em investimentos nos próximos anos teve sua fragilidade escancarada com a deflagração da Operação Porto Seguro pela Polícia Federal. A prisão de dois diretores de agências reguladoras ; Paulo Vieira, da Agência Nacional de Águas (ANA), e Rubens Vieira, da Agência Nacional de Aviação Civil (Anac) ;, que comandavam um esquema de venda de pareceres jurídicos, expôs os problemas de entidades criadas para regular os serviços prestados ao cidadão brasileiro.
Indicações políticas de pessoas sem o mínimo conhecimento técnico para as funções que exercem, falta de independência orçamentária para executar o trabalho, ausência de transparência nas decisões tomadas e diretores que acabam sendo, posteriormente, capturados pelo mercado que deveriam fiscalizar são alguns dos problemas levantados pelo Congresso e por órgãos de controle externo, como o Tribunal de Contas da União (TCU) e a Controladoria-Geral da União (CGU).