O governo criou várias comissões em diversas pastas para investigar os desdobramentos da Operação Porto Seguro, deflagrada a partir da denúncia de venda de pareceres técnicos e jurídicos nas agências reguladoras para beneficiar empresários que atuam nos setores regulados pelas agências. Dentro do Planalto, contudo, os trabalhos foram conduzidos em duas frentes: além da comissão criada pela Casa Civil, a Secretaria de Controle Interno (Ciset), ligada à Secretaria-Geral da Presidência da República, também fez uma auditoria nos contratos firmados na área de portos e na Agência Nacional de Aviação Civil (Anac), dois dos principais focos de atuação da quadrilha.