Vargas está sendo investigado por suspeitas de ter recebido favores do doleiro Alberto Youssef, preso durante a Operação Lava Jato. Ele teria sido presenteado com uma viagem de férias a João Pessoa a bordo de um jatinho pago pelo doleiro.
Ele está sendo bastante pressionado pela cúpula do PT, incluindo o ex-presidente Luiz Inácio Lula da Silva, para que renuncie ao mandato. Em entrevista a blogueiros independentes, Lula declarou que "André Vargas deve se explicar para que o PT não pague o pato". O partido teme mais um desgaste em ano eleitoral.