O presidente do TSE foi advogado do PT em três eleições disputadas pelo ex-presidente Luiz Inácio Lula da Silva. Depois de passar pela Advocacia-Geral da União (AGU), Toffoli se tornou ministro do STF em 2009 por indicação de Lula. A passagem mais polêmica dele na Suprema Corte foi o julgamento do mensalão. Por ter sido advogado e assessor parlamentar do PT, a expectativa da oposição era de que ele se considerasse suspeito e não participasse da análise.
Toffoli, no entanto, decidiu julgar. Votou pela absolvição do ex-ministro da Casa Civil José Dirceu e pela condenação do ex-tesoureiro do PT Delúbio Soares e do ex-presidente da sigla José Genoino no crime de corrupção. Mas absolveu o trio na acusação de formação de quadrilha. Ele assume no lugar de Marco Aurélio Mello, que encerra seu segundo biênio como ministro efetivo do TSE. A votação que o elegeu foi simbólica e seguiu a tradição do TSE de escolher como presidente o ministro do STF com mais tempo de mandato na Corte Eleitoral.
Para o senador Alvaro Dias (PSDB-PR), o fato de Toffoli estar à frente das eleições 2014 é motivo de preocupação. ;Exatamente por essas ligações conhecidas, a trajetória jurídica foi no âmbito no PT. Fica sempre a preocupação com a possibilidade de retribuição. É possível que, como ser humano, confunda as coisas;, diz.
À CBN, Toffoli afirmou que ter sido advogado do PT não causa constrangimento. O ministro ressaltou que vai atuar com independência e imparcialidade. ;Meu compromisso é com a constituição e com as leis do meu país.;