De acordo com informações do Instituto Nacional de Meteorologia (Inmet), chovia no momento do acidente. O meteorologista Hamilton Carvalho afirma que, entre as 9h e as 15h, chovia em Santos. ;Às 10h, a visibilidade era baixa, o céu estava encoberto por nuvens e o vento era de aproximadamente 14km/h. A velocidade é considerada alta quando as rajadas chegam a 25km/h;, explica.
A Aeronáutica confirmou que, no momento em que o piloto tentou pousar, a Base Aérea de Santos operava por instrumentos. O jato 560XL é considerado um dos mais seguros dessa categoria em operação no Brasil.