A Segunda Turma poderá abrir a ação penal ou arquivar a denúncia, caso os ministros entendam que não há elementos que comprovem a culpa dos 49 acusados. Se a denúncia for aceita, testemunhas de defesa serão chamadas para se manifestar no processo. Após esta fase, os acusados serão chamados a apresentar defesa prévia e serão julgados pelos ministros. Se forem condenados, não haverá cumprimento imediato da pena, pois caberá recursos. Em caso de absolvição, a PGR poderá recorrer da decisão.
Apesar do prazo para conclusão do inquérito policial, não há definição para o julgamento do inquérito e de uma eventual ação penal. Na Ação Penal 470, o processo do mensalão, a Corte levou sete anos para concluir o julgamento.
Para cumprir as diligências autorizadas pelo Supremo, a Polícia Federal aumentou o número de policiais da Diretoria de Investigação e Combate ao Crime Organizado, que trabalha em inquéritos criminais que tramitam no STF.
Em nota, a polícia diz que o grupo é integrado por servidores com experiência no combate à lavagem de dinheiro, desvio de verbas públicas e crimes financeiros, mas não informa o número de agentes destacados para as investigações.