Em dezembro passado, Cunha havia arquivado o pedido de afastamento contra o vice. Temer é acusado de ter assinado, como presidente em exercício, decretos suplementares ao Orçamento - um dos motivos que justificaram a acusação de crime de responsabilidade contra Dilma Rousseff. Ao analisar o caso, o presidente da Câmara concluiu que os decretos de Temer foram assinados antes da revisão da meta de julho de 2015 e os de Dilma, depois. Por esse motivo, ele concluiu que a presidente teria cometido crime de responsabilidade e o vice, não.
Para Marco Aurélio, o presidente da Câmara não deveria ter se manifestado sobre o mérito do caso, apenas sobre seus aspectos formais, por isso determinou que Cunha instalasse a comissão para analisar o impeachment. A decisão do ministro do STF deixou Cunha enfurecido. Imediatamente, ele resolveu recorrer à Suprema Corte. Contudo, nas últimas semanas, não insistiu no caso, depois que foi alertado por aliados que um pedido de impeachment contra Temer poderia ser usado para pressionar o vice.
Cunha e Temer atuaram juntos nas estratégias de aprovar o impeachment de Dilma. O presidente da Câmara cuidou da formação da cúpula da comissão especial até a conquista dos apoios dos partidos na reta final da votação em plenário. Ao lado de Cunha, teve atuação expressiva o deputado André Moura (PSC-SE).
Já pelo lado de Temer, a missão ficou com o ex-ministro Eliseu Padilha, um de seus aliados mais próximos. No dia da votação do impeachment, os dois visitaram as lideranças dos partidos juntos numa demonstração clara de parceria.