O indulto consiste no perdão total e irrestrito ao detento. No entando, de acordo com a lei, para receber esse benefício, o preso precisa ter bom comportamento e não pode ter tido falta disciplinar de natureza grave. Em fevereiro, Barroso negou o indulto porque os crimes da Lava-Jato teriam sido cometidos enquanto o réu estava preso pelo mensalão. Portanto, o perdão ficaria inviável em caso de condenação pela Lava-Jato.
Mas o parecer que Janot enviou ao STF esclarece que os supostos crimes da Lava-Jato teriam ocorrido até 13 de novembro de 2013. Dirceu foi preso no mensalão dois dias depois. José Dirceu foi preso inicialmente no regime semiaberto, em que o detento pode sair da prisão durante o dia e voltar à noite, para dormir.
Em novembro de 2014, o petista foi transferido para o regime aberto, que estava sendo cumprido na casa dele, no Lago Sul, bairro nobre da capital federal. Em setembro de 2015, Dirceu passou à condição de réu na Lava-Jato na Justiça Federal em Curitiba e o juiz Sérgio Moro decretou a prisão preventiva do investigado.