Funaro está preso em Brasília, desde 1; de julho de 2016, na Operação Sépsis, com base na delação de Fabio Cleto, ex-vice presidente de Fundos e Loteria da Caixa. O doleiro é apontado como operador financeiro de Cunha.
Um dos desdobramentos da Lava-Jato, a Operação Sépsis investiga esquema de pagamento de propina para liberação de recursos do Fundo de Investimentos do FGTS (FI-FGTS), administrado pela Caixa Econômica Federal.