Segundo a decisão de Gilmar, a prisão de Barata Filho deveria ter levado em consideração ;as medidas cautelares impostas pelo STF;, e averiguar ;se seriam suficientes para mitigar o risco representado pela liberdade do paciente;. O ministro foi duramente criticado quando mandou soltar o empresário fluminense há quatro meses, após ele ter sido preso duas vezes. Gilmar Mendes foi padrinho de casamento da filha de Barata e é tio do noivo. À época em que as informações foram noticiadas, no entanto, ele afirmou que ;nem conhecia direito o casal;.
Da segunda vez que Gilmar mandou voltar Barata, procuradores da República enviaram carta aberta ao Supremo Tribunal Federal (STF) pedindo aos magistrados para ;conter a ação e o comportamento; do ministro Gilmar Mendes ; que mandou soltar três acusados na Operação Lava-Jato, iniciativa do Ministério Público Federal (MPF). O documento foi enviado ao Supremo pela Associação Nacional dos Procuradores da República (ANPR), e afirma que ;o ministro se destaca e destoa por completo do comportamento dos demais integrantes da Corte;.
A ANPR criticou ;a desenvoltura; com que Gilmar Mendes se envolve em assuntos ;fora dos autos; e questionou a imparcialidade do ministro para aturar nos processos da Operação Ponto Final, desdobramento da Lava-Jato no Rio de Janeiro, que envolve a soltura dos empresários Lélis Teixeira e Jacob Barata Filho ; que recebeu, pela segunda vez, uma ordem de soltura decretara pelo magistrado, derrubando decisão do juiz carioca Marcelo Bretas.
Barata é réu em duas ações penais no Rio, acusado de pagar R$ 500 milhões em propinas a políticos fluminenses.