Uma das principais críticas feitas pelo Ministério Público Federal sobre o texto tratavam da diminuição do tempo de cumprimento de pena de ; para 1/5, sem limite de condenação máxima, e o perdão das multas no caso de condenados por desvios de recursos públicos ; situação na qual se enquadra a maioria dos condenados na Operação Lava-Jato.
Em nota, o governo afirmou que jamais praticou qualquer ato de restrição ou ininição à Lava-Jato. ;O indulto é tradição humanitária praticada todos os anos e favorece condenados por crimes não-violentos. Entendeu, todavia, a senhora presidente do Supremo Tribunal Federal que três das 27 hipóteses do indulto são incompatíveis com a independência e harmonia dos poderes. A decisão impede, neste momento, que milhares de condenados por crimes sem grave ameaça ou violência à pessoa possam se beneficiar do indulto, contrariando a nossa tradição;, destaca trecho da nota.
No Supremo, a decisão sobre o decreto do indulto está nas mãos do ministro-relator da matéria, Luís Roberto Barroso. Historicamente crítico do sistema punitivo no Brasil, o magistrado já afirmou em julgamentos anteriores, que o regime de progressão de pena, por exemplo, no qual o condenado pode cumprir apenas um sexto da pena, gera sentimento de ;impunidade;. Questionado sobre o indulto, Barroso afirmou que, em fevereiro, levará a decisão ao pleno do STF. ;A lei prevê que medidas cautelares em ação direta sejam levadas à ratificação do Plenário. Vou apenas cumprir a lei;, afirmou.