Machado foi denunciado por colegas de legenda após usar o dinheiro do Fundo Partidário do PHS para comprar quatro carros de luxo em concessionárias da família dele. Desde 2015, a gestão de Eduardo Machado era questionada pelos integrantes da legenda.
Após denúncia publicada pelo Correio em setembro, Gilmar Mendes mandou a Polícia Federal (PF), a Procuradoria-Geral Eleitoral (PGE) e o Supremo Tribunal Federal (STF) investigarem Machado por ;desvios de verba;.
À época, Machado foi acusado por funcionários da legenda de não pagar os salários e de fechar a residência onde funciona a sede do partido, no Lago Sul. O presidente do PHS também empregou, durante um ano, uma prima, advogada, em fundação ligada à sigla.