O comandante do Exército, general Eduardo Villas Bôas, cumprimentou o presidente eleito Jair Bolsonaro (PSL) pela vitória. "Felicito nosso povo pela demonstração de civilidade nesse momento tão democrático. Cumprimento especialmente o PR eleito Bolsonaro pela escolha que a gente brasileira vocalizou nas urnas", escreveu no Twitter. Ele também parabenizou outros eleitos, não eleitos e o TSE, "pela condução firme da eleição".
Quando Bolsonaro sofreu um atentado à faca, em 6 de setembro, Villas Bôas divulgou nota em que repudiava "veementemente" o ato de violência. O comandante do Exército disse em entrevista ao Estado que o ataque ao então candidato, "é a materialização das preocupações que a gente estava antevendo de todo esse acirramento dessas divergências, que saíram do nível político e já passaram para nível comportamental das pessoas".