Mas a multa não foi o único problema enfrentado pelo norte-americano. O heptacampeão seria pivô de um racha na sua equipe, a Astana, depois da terceira etapa. Isto, após o pelotão principal se dividir em dois blocos e Armstrong se distanciar dos demais competidores da Astana, enquanto o espanhol Alberto Contador, um dos favoritos ao título, ficou para trás para ajudar seus companheiros.
Além de tudo isso, Armstrong foi criticado pelo diretor da Volta, Jean-Francois Pescheux, por não estar atendendo aos fãs e dando entrevistas antes de cada uma das etapas.