A investigação das milícias digitais surgiu após uma queda de braço entre o ministro Alexandre de Moraes, do STF, e o procurador-geral da República, Augusto Aras. Na época, o PGR exigiu o arquivamento de outra apuração contra aliados do presidente Jair Bolsonaro: o inquérito dos atos antidemocráticos. Antes de encerrá-lo, porém, o magistrado autorizou o intercâmbio de provas e mandou rastrear o que chamou de "organização criminosa".
Já a investigação que apura a divulgação das notícias falsas por parte de Bolsonaro foi aberta a pedido do Tribunal Superior Eleitoral (TSE).